台湾清华大学的前身为1911年在北京设立的清华学堂，1925年设立大学部，在抗日战争期间，西迁至云南昆明，与当时的国立北京大学、私立南开大学合组成国立西南联合大学。1949年1月10日，北平军管会文化接管委员会主任钱俊瑞到校，正式宣布接管清华大学。1955年，台湾清华大学设立在台湾省新竹市。台湾清华大学首设台湾清华大学原子科学研究所，1964年恢复大学部。2016年11月1日台湾新竹教育大学并入台湾清华大学。北京清华大学与新竹清华大学现双方合作MOOC课程、学术访问制度及双联学位课程，并与厦门市三方共建“清华海峡研究院”，促进两岸学术及文化交流。
截止2019年11月，台湾清华大学共设有人文社会、理工、原子科学、生命科学、电机资讯、科技管理等10个教学院部。学校现有专任教师830人，兼任教师571人，职技人员782人。现有在校生16678人，其中学士班6601人，硕士班4914人，博士班1563人。为社会输送了大量人才，其中包括诺贝尔化学奖得主李远哲、中国科学院上海生命科学研究院神经科学研究所所长蒲慕明、原今日头条副总裁马维英、香港科技大学第四任校长史维等一大批杰出校友。
院系专业
根据台湾清华大学官网显示2017年7月，台湾清华大学共设有理、工、原子科学、人文社会、生命科学、电机资讯及科技管理10个学院。
理学院
数学系、天文研究所、物理学系、统计学研究所、化学系
工学院
动力机械工程学系、化学工程学系、材料科学工程学系、工业工程与工程管理学系、纳米工程与微系统研究所、生物医学工程研究所
生命科学院
生命科学系、医学科学系、生物科技研究所、分子医学研究所、分子与细胞生物研究所、生物资讯与结构生物研究所、系统神经科学研究所
电机资讯学院
资讯工程学系、电机工程学系、通讯工程研究所、资讯系统与应用研究所、电子工程研究所
人文社会学院
中国文学系、外国语文学系、历史研究所、语言学研究所、人类学研究所、社会学研究所、哲学研究所、台湾文学研究所
原子科学院
工程与系统科学系、生医工程与环境科学系、核子工程与科学研究所
科技管理学院
计量财务金融学系、经济学系、科技管理研究所、科技法律研究所、服务科学研究所
竹师教育学院
特殊教育学系、体育学系、台湾语言研究与教学研究所、环境与文化资源学系、学习科学与科技研究所、幼儿教育学系、教育心理与谘商学系、数理教育研究所、英语教学系、教育与学习科技学系
艺术学院
艺术与设计学系、音乐学系
师资队伍
截至2016年10月，学校现有专任教师830人，兼任教师571人，职技人员782人。
合作交流
1995年12月，沈君山校长率团访问北京清华大学，签定“海峡两岸清华大学交流合作备忘录”。2001年2月，更加强推动两岸学术合作，除与北京清华签订多项合作合约外，也与北大、复旦、苏州、兰州大学合办“莙政学者”交换学生计划。在台湾也与台湾交通大学、台湾中央大学及阳明大学于2002年试办共组“台湾联合大学系统”，并于2008年1月奉台当局教育主管部门核定正式成立，结合四校之教学研究资源，发挥互补性。
2019年加入全球产学未来人才培养策略联盟 (UAiTED)，该联盟旨在强化产学合作以实践知识及技术转移，促进永续社会发展为目标的创新方案，让社会各行各业与大学紧密合作，共同培育全球产学未来人才。创始学校包括台湾清华大学与台湾交通大学、台湾师范大学、成功大学、台湾科技大学、新加坡国立大学、南洋理工大学、香港城市大学、香港科技大学、马来亚大学、马来西亚国立大学、马来西亚理科大学等16所星马港台的顶尖大学。
学术期刊
《清华学报》最早发行于1924年，内容包括自然科学及人文学科领域，后转型为纯汉学期刊，以刊登文史哲论文为主。作者早期有胡适、杨联陞、萧公权、吴大猷、赵元任、傅汉思、蒋硕杰、唐君毅、钱穆、梅祖麟…等，晚近亦有王士元、郑锦全、李方桂、李壬癸、李亦园、萧启庆、黄一农、龚煌城、王德威、孙康宜等海内外重量级学者。学报发行曾因战乱因素中断，1955年清大在台湾复校后，旋即在1956年6月由台湾清华学报社重新发行新1卷1期，成为由校友所支持发行之刊物。当时社址设在台北市中华路，美国集稿处在康州的 New Haven。其时每期售价为新台币80元，美金2元。自1987年起转由台湾清华大学人文社会学院负责编辑及发行，2002年起再转至台湾清华大学出版社。台湾清华学报为一国际性期刊，内容刊载有关中国人文学及社会科学之纯学术性论文，且有严谨的评审制度，因此屡获台当局教育主管部门、台科会之奖励、补助。
学校排名
2022年QS世界大学排名位居第180名。
2020年QS世界大学排名位居第173名。
2020年软科中国两岸四地大学排名第10名。
2019年QS世界大学排名位居第163名，台湾地区第2名，两岸三地第14名。