奥什工艺大学设有1个研究中心、3个研究所、7个学院和1个中等职业教育培训基地。学校有50多个本科专业教育项目、25个硕士以及30余个博士项目分布在45个系。
七个学院：建筑学院、控制论与信息技术学院、经济与管理学院、科学技术学院、技术与环境管理学院、汽车运输与服务技术学院和能源学院。
建筑学院
建筑学院是奥什工艺大学的最先成立的学院之一。为了培养土木工程师、机械师和电力工程师，学院于 1963 年在奥什市开设了夜间课程， 其中土木工程专业于1988年招收第一批全日制本科学生，1991年招收函授课程学生并开设工程专业，1996年开设建筑专业。2016年，该学院更名为建筑学院。
学院使命：创造必要的条件，提供高质量和低负担的教育，保留传统教育体系的同时使用最新的教育技术，开拓创新。
学院发展：学院与其他高等教育机构保持密切的科学和教育联系，如吉尔吉斯斯坦国立建筑、交通与建筑学大学、吉尔吉斯-俄罗斯斯拉夫大学、莫斯科土木工程学院、费尔干纳理工学院等。在教学方面，学院与地区生产、建筑、道路和其他机构密切合作，例如：南方建筑标准化、认证和计量中心、奥什市城市建筑与建设部、道路建设运营部、奥什土地管理和房地产登记部以及许多其他部门、知名企业。
控制论与信息技术学院
1992年学院开设计算机技术和自动化系统专业，1994年开设工程专业和信息测量技术 专业，1997 年开设通信网络和通信系统专业。
该学院是俄罗斯联邦高等教育机构教育和方法协会的成员，学院与其他高等教育机构保持着密切的科学和教育联系，如：吉尔吉斯斯坦国立技术大学、吉尔吉斯-俄罗斯斯拉夫大学、莫斯科通信与信息技术大学、塔什干国立技术大学等。
经济与管理学院
学院于1992-1993年组建，30年来培养了经济、管理学专业人才1万余人。
学院使命：为经济和管理领域的学生提供高素质的培训，发展、维护经济与管理。
学院目标：开发独特的教育课程，结合经济、社会科学和应用学科模块，形成一套提高未来专业人才在领域内的竞争力和流动性的专业教育体系。
科学技术学院
该学院是奥什工艺大学的主要院系之一，成立于1991年3月，1994年9月更名为信息技术学院，1997年9月在该学院的基础上成立了新的国际关系学院，2003年创建了工程和教育学院，2009年学院更名为科学技术学院。
技术与环境管理学院
学院成立于1994年，是在“化学技术”系、“轻工技术”系的基础上组建的。1999年，技术学院更名为工程技术学院，2003年学院正式命名为技术与环境管理学院。
学院拥有吉尔吉斯共和国国家科学院院士1人，教育科学功勋工作者2人。
汽车运输与服务技术学院
汽车运输与服务技术学院致力于培养吉尔吉斯共和国汽车工业和汽车经济领域的专家。为加强学生培养，学院分配足够数量的教研室与实验室，实验室设备齐全具备交通灯、测试仪、汽车零部件和组件模型、成套仪器。
能源学院
能源学院是吉尔吉斯斯坦南部唯一一个培养自动化工程师、机械工程师和电气工程师的学院。学院拥有20多个设备齐全的教学实验室、现代化的计算机教室、训练中心。所有实验室均配备现代化操作设备。