科研平台
截至2025年1月，学校有博士后科研工作站、国家基因检测技术应用示范中心2个国家级平台，山东省重点实验室、山东省工程研究中心、山东省院士工作站、山东省出生缺陷研究与转化协同创新中心等9个省部级平台，山东省精神与行为医学重点实验室、山东省慢性非传染性疾病精准医学特色实验室等21个厅级平台。
科研成果
截至2024年3月，2016年以来，学校获省级、厅级奖励100余项，授权发明专利58项，发表ESI高被引论文44篇。
学术期刊
《中华行为医学与脑科学杂志》
《中华行为医学与脑科学杂志》创刊于1992年，是由中华人民共和国国家卫生健康委员会主管，中华医学会、济宁医学院主办的刊物，前身为《中国行为医学科学》；是中文核心期刊、中国科技核心期刊、中国精品科技期刊、国家卫健委优秀期刊、中华医学会优秀期刊。主要有述评、专题论述、指南与共识、基础研究、临床研究、卫生预防、行为心理评估、研究与思考、方法与技术、系统综述、医药快讯等栏目。
《中华诊断学电子杂志》
《中华诊断学电子杂志》是由中华人民共和国国家卫生健康委员会主管，中华医学会主办、济宁医学院承办的诊断学专业学术性期刊。主要有述评、专家论坛、临床论著、基础论著、短篇论著、病例报告、病图报告、名词解释、新技术·新方法、学术争鸣、临床经验、教学研究、医学视听、综述、仪器·设备等栏目。
《济宁医学院学报》
《济宁医学院学报》创刊于1978年，是由中华人民共和国新闻出版总署批准，山东省教育厅主管，由济宁医学院主办的学术性期刊；是万方数据—数字化期刊源期刊，CNKI系列数据库收录期刊，中国核心期刊（遴选）数据库期刊等多个数据库收录期刊。主要有专家论坛、博士论坛、基础医学、临床医学、公共卫生、护理、综述、医学教育、方法·技术、调查等栏目。
馆藏资源
截至2024年3月，学校图书馆馆藏文献总量334.1836万册，电子期刊331.3458万册，纸质期刊404种，学位论文486.4672万册，音视频53316小时，拥有中外文数据库31个，免费数据库40个，试用数据库65个。