科研平台
截至2023年6月，学校拥有山东省文化艺术重点学科1个，山东省工程实验室、工程（技术）研究中心4个，山东省高校实验室、工程研究中心、协同创业中心6个，山东省高校人文社科研究基地和省非遗研究基地等6个。
2013年，学校获批校级科研机构15个。“十二五”期间，学校设立校级研究机构30个、系级研究机构20个。
科研成果
截至2024年2月，近年来，学校获批国家级项目23项、省部级项目168项，获批国家专利722项（发明专利130项），获得省部级科研奖励、优秀科研成果奖20项。
馆藏资源
截至2018年9月，菏泽学院图书馆由新图书馆（主馆）和教师教育图书馆组成，拥有图书资料352万余册（其中纸质图书204.9万册，电子图书148万余种），图书内容涵盖了文、史、艺、经、法、管、教育、理、工、农十大学科门类，其中包括《四库全书》、《续修四库全书》、《古今图书集成》、《四部丛刊》、《万有文库》、《大公报》、《申报》等重要典籍。每年订购纸质期刊800余种，中外文电子期刊3万余种。购买中外文数据库34个，包括中国知网系列数据库、万方数据知识服务平台、超星电子书、读秀搜索、移动图书馆、超星视频、人大复印报刊资料全文数据库、维普考试资源系统、维普论文相似性检测系统、畅想之星光盘库、SpringerLink外文数据库等。
截至2024年1月，馆藏纸质图书215万册、期刊2200余种，电子图书271万册，数据库32个。
学术期刊
《菏泽学院学报》
《菏泽学院学报》是由山东省教育厅主管、菏泽学院（本科）主办的面向国内外公开发行的综合性学术理论刊物。 《菏泽学院学报》原名《菏泽师专学报》，于1979年创刊，是山东省创刊较早的高校学术理论期刊之一。国际标准刊号为ISSN 1673-2103，国内统一刊号为CN 37-1436/Z。按国家新闻出版总署的要求，本刊自2005年第1期始改为现刊名。本刊为双月刊，第1、3、4、6期为社会科学版，2、5期为自然科学版。
在《菏泽学院学报》发表的许多论文被《中国人民大学书报资料复印中心》《新华文摘》《全国高校文科学报文摘》《中国数学文摘》《中国科学文献数据库》《中国期刊全文数据库（CJFD）》《中国学术期刊综合评价数据库》《中国科技期刊数据库》《万方数据——数字化期刊群》等收录或摘登。